纳豆中的有效成分是纳豆激酶。
纳豆激酶是一种蛋白激酶，它从食品纳豆中提取或纳豆菌发酵生产，是一种分子量极小的蛋白质，并可被肠道快速吸收与利用。同时它还具有溶解血栓，降低血粘度，改善血液循环，软化和增加血管弹性等作用。
1980年的一天，日本医学博士须见洋行教授分别把纳豆发酵物质和尿激酶滴到人工血栓上作对比观察，他惊讶的发现：短短3小时，滴有纳豆发酵物的血栓溶解了2厘米，而普通溶栓尿激酶溶解2厘米需要近两天时间！须见洋行教授将纳豆提取物命名为纳豆激酶，震惊世界！
纳豆激酶在直接溶解已经形成血栓的同时，还能激活增强人体自身的溶栓能力，从而起到持久平稳的溶栓作用。而且，“纳豆激酶只溶解血栓的主体物质纤维蛋白，不水解血浆纤维蛋白原，所以不会引发出血的危险。”这一点是临床溶栓药剂所普遍缺失的。此外，进一步的临床研究发现，纳豆激酶还具有明显的降血压和抑制血小板凝集作用。
纳豆中富含十几种丰富的生理活性物质。纳豆中富含纳豆菌、优质小分子蛋白质、纳豆激酶、SOD、生物多糖、异黄酮、卵磷脂等十几种生理活性物质。这些生理活性物质的集合，全面提高身体机能和免疫力。食用纳豆激酶后，测定血液中形成血栓的物质会慢慢减少。
因而，纳豆激酶成为一种新型的口服性溶血栓药物(第二代溶栓药)，在预防、治疗心脑血管栓塞症及栓塞性老年痴呆症等方面起到积极作用。
在日本纳豆是人们日常不可缺少的健康产品，在日本民间有“纳豆顿顿有”活到九十九的口头禅。纳豆是日本保持“世界第一长寿国的秘制佳肴。纳豆是将蒸煮后的大豆，接种纳豆菌，经微生物发哮而成的一种豆制品．发酵成熟后的纳豆，表面粘稠，附着一层白色的纳豆菌膜。
纳豆激酶的功效：
1.防止骨疏松
纳豆辅助补钙的机理是：骨质是由维生素K2和优质蛋白质先形成骨元蛋白，再与钙生成骨质，蓄积骨中，增加骨密度这三大要素缺一不可。纳豆中包含大豆异黄酮和维生素K2。大豆异黄酮能防止骨中钙的溶解，而维生素K2则能够将钙固定于骨中。也就是说，大豆异黄酮和维生素K2的组合能相互协力，起到强骨的作用。
2.抗菌作用
长野县卫生公害研究所进行的实验表明，纳豆的提取液可将3万个0-157致病性大肠杆菌减少到40个以下。最近的科学实验也已确认，纳豆菌对抑制0-157同类的0-111、0-144病原性大肠杆菌以及其它病原菌诸如，金黄色葡萄球菌、沙门氏杆菌、李斯特菌等同样有抑制作用。抗菌机理在于纳豆菌能够产生杀菌物质吡啶二羧酸
3.调节肠胃润肠通便排毒养颜
纳豆菌不受胃液的强酸影响，并很快在肠道内定植。纳豆菌所产生的吡啶二羧酸，有效杀灭、抑制肠道内的有害菌和病毒。使肠内菌群达到一个有利健康的动态平衡，迅速解决便秘、肠炎、腹泻问题，还你一个健康的肠道。为此，纳豆激酶的润肠通便效果是立竿见影的。我们都知道大便中有50%到80%是肠内细菌及其尸体。肠内细菌活跃，大便就能顺畅。这就是润肠通便的理由。一天一次大便,可以清除宿便排除毒素。再加上纳豆激酶可以溶解毛细血管里的血栓、脂肪等，因而可以保证面色光泽红润。
4.明显改善女性更年期综合症
大豆异黄酮是主要的植物雌激素之一，具有弱的雌激素样作用。纳豆中 30mg 异黄酮相当于大豆中 100mg 异黄酮的效果。妇女更年期症状和绝经后妇女易发的骨质疏松，主要是由于体内雌激素水平下降造成的。大豆类黄酮可以补充体内雌激素不足，不但可以明显改善更年期症状，而且可以防治女性骨质疏松。再考虑到纳豆排毒养颜和减肥作用，纳豆对女性来说是非常重要的保健食品。
5.缓型减肥直观降低餐后血糖
纳豆菌在肠内大约能坚持1周左右，可以促进其它有益菌增殖。肠内细菌，重量约为1公斤。当然它需要饵食供给。人体吸收的营养就成为肠内细菌的饵食而被吞噬，再加上纳豆激酶可燃烧脂肪,由此就能减肥。还有纳豆粘物质发挥了浸溶、包裹的作用。因而纳豆减肥是缓型有效的,不会反弹。然而餐后血糖值出现明显下降趋势，是非常直观的。一是纳豆菌吞噬葡萄糖和粘物质的作用,二是纳豆中的高弹性蛋白酶,抑制了血糖增加。它具有与猪胰脏所含的这种酶的作用，而猪胰腺的弹性蛋白酶已用于高血糖的治疗药物。
6.解酒、保护肝脏
纳豆激酶进入人体后，通过三重渠道构建酒精防护屏障：进入人体肝脏系统，分解肝脏解酒压力，协助解酒；进入人体血管系统，在脑血管区域形成重点防护屏障，抵制酒精对大脑的抑制效应；进入人体消化道系统，迅速形成保护屏障，加速消化道酸性分泌，促进解酒。服用纳豆能迅速解决酒后不良反应，并能预防隔日醉。此外，纳豆中的多种活性物质活化肝细胞，促进肝细胞再生，提高肝功能，保护肝脏，有效预防改善脂肪肝。所以在日本广为流行一个谚语：“喝酒时多吃纳豆防二日醉酒”
7.预防飞蚊症
纳豆激酶食品对眼睛有非常良好的保健效用，它不仅能净化血液，溶解阻塞在眼球微血管当中的血栓，并且可以减少胆固醇在血管壁的蓄积；此外，对白内障的预防的也有益处。
8.降低胆固醇及预防粥状动脉硬化
动物实验证实，纳豆菌食品可以抑制血中的低密度脂蛋白氧化，有效降低总胆固醇以及三酸甘油酯的浓度，进而减少粥状动脉硬化的发生，纳豆菌食品之所以具有这些功效，据推测应该是来自於其高含量的抗氧化成份。
